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即送他離寺往九江渡口，臨別又叮囑他南去暫作隱居，待時行化。因此慧能回到廣東，隱遁於四會、懷集二縣間，過了十六年，儀鳳元年（676）正月八日，至廣州法性寺（今光孝寺），值印宗法師講《涅盤經》。時有二僧說辯論風吹幡動，一個說風動，一個說幡動，爭論不已。慧能便插口說：“不是風動，也不是幡動，是你們的心動”！大家聽了很爲詫異。印宗便延他至上席，請問深義，慧能回答，言簡理當。印宗便問，“久聞黃梅衣法南來，莫非是行者”？慧能出示衣缽，印宗歡喜讚歎，即集衆就法性寺內菩提樹下爲慧能剃發。爲他授具足戒。印宗並拜他爲師，明年二月八日，印宗與僧俗千餘人，送慧能往寶林寺。
儀鳳二年（677年）春，韶州刺史韋璩與部屬，一齊入寶林寺請慧能到曲江城大梵寺講堂深說法要，韋刺史以及官屬同僚善男信女聽了，豁然開悟，都歡喜讚歎說：“太好，在這嶺南地方，有佛出世，是料想不到的事”！門人法海錄其前後法語，成今所流通的《六祖法寶壇經》。

以後，慧能在曹溪寶林寺說法三十餘年。其間，萬歲通天元年（696年），武則天遣中書舍人吳傳穎贈送水晶盂缽一副、磨衲一條、白氈兩端、香茶五角、錢三百貫，錫 表揚大師。神龍元年（705年），武則天唐中宗遣內侍薛簡召他入京，他以久處山林，年邁風疾，辭卻不去，薛簡懇請他說法，將記錄帶回報命。是年九月三日，武則天唐中宗因贈磨衲袈裟一領，絹三百匹、寶缽一口，敕改寶林爲中興寺。唐中宗于神龍三年（707年）十一月十八日，又賜額六祖龍山舊居爲國恩寺。