查科峽谷擁有13座大廈,或稱之為13個村落,它們當中最宏大的首推波尼托。每個村落擁有相當數量的坑屋,僅在波尼托一處,考古學家就找到了32個。查科峽谷地區較小的文物遺址至少還有2400多個,從幾千年前獵戶簧火遺跡到近期延伸的安納沙茲峽谷村落和崖屋,多不其數。
波尼托村落的修建前後大約持續了200年左右, 在曾參上尉1849年發現它的時候,它已經部份崩塌了,但從現存的廢墟上考古學家們也能勾畫出它當初極盛時期的模樣:以做祈禱的坑屋為中心,不少於800間的屋子一一順展開排成一個半圓形,有的地方高達4層。 屋子與屋子基本相似,16英尺長,13英尺寬。上樓需借助木梯或通過樓層間留下的洞口。平展的屋頂是集體活動的場所,或用作紡紗織布的場所,或當作曬糧和貯糧的地方。儘管有的屋裡順著牆修了些固定的凳子和儲具,那裡的古居民很少使用傢俱,整個村落就只發現了一根木凳。人們大概是睡在編織的席上或毛氈之上的。村落下層的大型貯藏室是部落的食物供應站。木樑支撐著村落的地板和屋頂,一間屋子大約需要40根,全是獨根的杉樹或松樹。科學家估計查科峽谷地區的村落群大概用了近25萬根本料。要把這些樹木從40英里外的森林搬來,這需要費多大的勁,需要何等的合作精神啊!由於峽谷地區乾燥的氣候,許多木料至今還保存完好。
波尼托村落的木樑還幫助現代考古學家解決了確定廢墟遺址年代這一既緊迫又棘手的問題。在20世紀初,考古學家就提出「這些村落究竟存在了多久的問題」。天文學和樹年化學相結合的方法意外地解決了這一個問題。 安德魯﹒E﹒道格拉斯是亞利桑那州大學的天文學家,對太陽黑子的運動,即太陽表面每11年循環發生的運動有極大的興趣。他好奇地認為太陽黑子的運動可能會影響地球的氣候,並推說通過檢查樹木的年輪就可以證實他的猜想是否正確。樹的年輪每年增加一圈,年輪能反映某種氣候條件這一說法已為大家所接受。寬的年輪體現了豐沛的雨水和迅速的生長,而窄年輪體現了雨水的不足和緩慢的生長。道格拉斯認為亞利桑那州活樹的年輪能反映那一地區歷史的降雨量,可能會符合太陽黑子11年一輪迴的活動週期。