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然而為什麼許多城市都能在地震和火災之後重建，而佩特拉卻不能呢？1991年，一群亞利桑那的科學家們在《貝塚》一書中給了答案，他們研究過那些鼠、兔和嚙齒類動物的貝塚或者說巢穴。這一類動物都慣於收集棍子、植物、骨頭以及糞便一類的東西。動物的巢穴被它們的尿水浸透，尿中的化學物質硬化，便可形成一種膠狀物質， 防止穴中的東西腐爛。據發現，有的貝塚已有4萬年之久，盛滿了貝塚形成年代的植物和花粉的標本。每一個貝塚泵都猶如一個揭示歷史的時間倉。

科學家們研究了大量的佩特拉貝塚，發現在早期的納巴泰人時代，橡樹林和阿月渾子林遍佈佩特拉四周的山地；然而到了羅馬時代，大量的森林消失了。人們為了建房和獲取燃料砍伐了大量的木材，致使林區衰變成為灌木林草坡帶；到了公元900年， 這種衰退進一步惡化，過分地放牧羊群使灌木林和草地也消失了，這個地區逐漸淪為沙漠。科學家們認為環境惡化是導致佩特拉衰亡的因素之一：當周圍的環境再也無法為龐大的人口提供足夠的食物和燃料時，城市就徹底消亡了。

佩特拉如同一本僅被讀過幾頁的書，在發現拜占庭教堂之後不久，菲瑪又留意到了一根拔地而起的花崗巖石柱。「約旦國境內沒有花崗石，」他對來訪者解釋道，「肯定來自埃及。看著那根花崗石柱，我常常在想，地下面究竟埋藏著什麼。一座皇宮？一座教堂，無論你走到佩特拉城的何處，你都會面對這樣一些謎。」

未來幾十年將向我們揭示更多有關佩特拉從史前到伊斯蘭時代的歷史。「佩特拉城幾乎還未被人觸及過，我們期望會有許多驚人的發現等待著我們，」ACOR總裁於1994年這樣說，「這是個一流的考古地，一個中東最大的考古寶藏。」