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最近的出土物卻給剛才讚頌的這種理想形象蒙上一層淡淡的陰影，長時間來，考古學家們都認為，邁諾斯人熱愛和平，反對戰爭，沒有軍隊，沒有城堡；但是，現在的發現表明，他們也有大刀、長矛、匕首，一些居住區可能還有碉堡。

邁諾斯宗教可能也有它陰暗的一面，現代考古學上最富爭議的發現之一出現在1979年，希臘考古學家埃菲和簡利斯在克裡特島北部發掘出邁諾斯遺跡。在一個叫做埃勒摩斯皮利亞的地方，當地克裡特島人稱它為「風洞」，簡利斯發現了一個小小建築物，認為可能是神壇，該神壇大約在公元前1550年的地震中遭到破壞。走進這神壇，他們發現了真人大小的塑像遺跡，可能是至高無上的女神像；還有一隻花瓶，可能裝祭血用。像這樣的花瓶，在壁畫中曾見過，它們是用來盛祭祀用的牛血的。這間神壇還存成著早期邁諾斯人的遺骸，仍保留著墓時發現的模樣。一共有四具骷髏。有三具在那次地震中被震得粉碎，事實上整個神壇都被破壞了。剩下的一具，後來斷定是一個18歲的男子，像是被捆綁著做獻祭儀式，禮儀刀具橫放在他的身上。

簡利斯暗示，用這個年輕男子作祭祀，是為了清除地震災難。人們沒想到，一貫熱愛和平、舉止文雅，超越許多其他古國文明的邁諾斯人，當時竟用活人作祭祀！這一發現頓時引起一場軒然大波，許多希臘和克利特島人認為，這是對他們祖先的一種侮辱，他們深感震驚！1980年在雅典的一次公開大會上，考古學家們駁斥了簡利斯的發現和解釋。大多數人也傾向於認為，簡利斯對其發現做了錯誤的解釋。