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《十二神將饒益有情結願神咒》的後半段就是<藥師灌頂真言>，前半段則是歸命三寶及歸命十二藥叉大將的聖號(梵音)，因為十二藥叉大將是十二尊佛菩薩的化身，在娑婆世界與眾多眷屬護持修藥師法門的佛弟子。

「若有受持此咒，能滅身中過去生死一切重罪，不復逕歷三途遠離九橫，超越眾苦，十方世界隨處安樂自在無礙，諸有願求，悉令滿足。」

拿摩喇的拿的喇牙呀
拿摩枯毗喇趴匝喇美卡喇安底喇嗎底喇珊底喇
因達喇巴牙喇嗎虎喇親達喇收杜喇毗卡喇
拿摩拔嘎乏得排曬及牙骨魯懷都里牙玻喇拔喇加牙
打他嘎打牙而哈得三彌牙割三菩達牙打笛牙他
嗡排曬及也排曬及也排曬及牙三母的嘎得司乏哈

namo ratnatrayaya
namo kuvira pacara mekara andira madira samtira
indara bhayara mahura cindar asotura vikara
namo bhagavate bhaisajya guru vaidulya prabha rajaya
tathagataya arhate samyaksambuddhaya tadyatha
om bhaisajye bhaisajye bhaisajra samud gate svaha