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浙江省古漢語專業委員會理事兼秘書長褚良才博士手提礦燈走進石室，他事后描述看到石室后的感受：“一种巨大的震懾感傳遍全身”，他為人類祖先的偉大創舉“激動得渾身發抖”。在查閱縣志時他發現明代一幅叫《翠岩春雨》的畫，畫中描繪了衢江邊一個用來作倉庫的人工石洞，綜合考察和這一發現，他提出了“地下倉庫說”。

中國社科院考古所研究員、中國建筑學會會長楊鴻勛專程考察石窟后卻認為，自己從事建筑考古學學科建設工作近3 0年，對龍游石窟的考證是最富挑戰性的工作。從石窟的鑿痕看，他認為工具應是青銅器，那么時間可以定在春秋時期。當時越國戰敗，傳說中，越王勾踐為复仇，藏匿深山打造兵器，訓練士兵，而在何山秘密訓練，這是個歷史之謎。“十年生聚，十年教訓”。越國借姑蔑之地練兵也是在情理中。据此推斷，石窟是用于藏兵練兵的。于是這就有了“藏兵說”。

敦煌研究院石窟研究所原所長施亭萍教授提出“地下宮寢說”。之后，又有“道家福地說”、“伏龍治水說”、“巨石文化說”...有人甚至提出石窟是外星人所為，于是又有了“外星文明說”。

毫無疑問，不管哪一种學說，在科學的論据得到之前都只能是假說。