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20世紀中期，更多自然災害的證據被發現。那時，考古學家們開始挖掘愛琴海的色諾島廢墟，該島從前曾叫山托銳裡島。在它南邊海岸一個叫阿克諾堤銳的地方，他們發現了一座被湮埋的城市，裡面堆滿了工藝品和壁畫，與邁諾斯遺跡非常類似。這城市似乎是邁諾斯的前哨，或是與邁諾斯人有密切貿易和文化聯繫的居住區。地質學的證據顯示，該城市與其它居住區可能在公元前1600年的一次巨大的火山噴發中被毀。此地的火山爆發可能為亞特蘭蒂斯島的古希臘傳奇提供了素材 ─ 一個繁榮昌盛的國家怎樣被一次自然災害徹底摧毀，一些專家還認為，這也可以解釋邁諾斯人的瓦解崩潰。他們推測，這次大地震的火山灰可能湮沒了克裡特島，或以它巨大的氣浪吞沒了海岸的居住區。

現代學者拒絕接受這樣的解釋，即邁諾斯文明是由一場自然災害所毀滅。他們認為，公元前1470年到1380年邁諾斯人捲入了與剛剛興起的希臘內地邁錫尼文明的一場強力爭鬥；邁錫尼人佔領了克裡特，破壞了幾乎所有的邁諾斯住宅區，並統治了克諾塞斯。 在此期間， 邁錫尼佔領者用「直線B」 取代了當地邁諾斯文字，即「直線A」。

公元前1380年，克諾塞斯宮殿群被大火燒燬。無人知道這場大火的起因，也許是地震或內戰，或是外來強國入侵，從那時起，邁錫尼人將其注意力從克裡特島轉移，雖然他們仍保存著邁諾斯工的迷宮和牛頭人身怪物的傳奇；這些傳奇在他們的後裔——希臘人的文化中將再次浮現，最終，邁諾斯文明遺跡輪到了伊文思來動土開掘，輪到了他以後的考古學家們未做進一步考察。