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公元前111年，他奉命出使“巴蜀以南，南略邛笮，昆明”，終於使少數發放政權歸附，漢王朝擴大了統治地域，漢武帝於翌年舉行了隆重的封禪活動。其父司馬談陪同武帝前往泰山，途中病熏，留?扒均C此時，適逢司馬遷西征凱旋而歸，他聞訊後心急如火，顧不得覆命，便日夜兼程，趕赴洛陽。父子相見，百感交集。司馬談執其手，流淚不止，語重心長地叮囑道：“余死，汝必為太史，為左史，無忘整形所論著矣！”司馬遷垂手恭立，淚如泉湧，說道：“我一定遵循你的指示去做，豈敢違背。”
　　
公元前108年，司馬遷繼承父職，任太史令，課以周覽“石室金匱”之書，為撰寫《史記》開始整理收集文史資料。不久，他又受命主持改革曆法。制成新歷，名為“太初歷”。“太初歷”是我國曆史上第一部較完整的曆法，也是曆法史上一次大變革。它第一次把二十四節氣訂入曆法，對農業生產頗多裨益。此後，司馬遷便集中精力，悉心撰寫《史記》。
　　
公元前98年，司馬遷由於為李陵被俘投降辯護，觸怒漢武帝，被捕入獄。按漢朝的法律規定，可以出錢贖罪，但司馬遷家貧無錢自贖，也沒有人肯幫助他，因此殘遭腐刑。出獄之後，又作了中書令。由於在獄中受到折磨和侮辱，他曾經想自殺，但為了完成不朽的著作，隱忍苟活，堅持以刑後餘生的全部精力，繼續《史記》的寫作。大約於公元前91年，即他55歲那年，經長達10年左右的艱苦奮鬥，終於完成了聞名古今中外的史學名著《史記》。