南方澳漁港始建於民國十一年，日本人在現今第一漁港闢建船隻泊地與碼頭，台灣光復前後，位於第一漁港南方的內埤泊地完工，即後來的第二漁港。
到了五十四年，港務局又在第一漁港北方興建了小型商港，之後因鄰近的蘇澳港啟用，才轉型為南方澳第三漁港。
自漁港始建以來，港區陸上設施就相當完備，漁市場、冷凍、冰廠、加油站、倉庫、加工廠等，一應皆備，但因年代久遠，逐漸老舊。
七０年代開始，三個漁港都展開擴建及重整計畫，不僅加深了漁港泊地，也完備了陸上設施。
由於南方澳近海為親潮、黑潮交會處，魚類資源相當豐富，兼以漁港本身陸連島所形成的優良港灣條件，不僅使南方澳擁有各種類型的作業船隻，更成全台唯一有大型圍網船隻作業的根據地。
目前全省僅有的八組(約四十艘船)大型圍網船隊，都以南方澳為基地，年魚獲量高達十萬公噸左右，除了拍賣、直售，亦供外銷或加工製造成魚類加工品。
所以，整個漁業生產系統在南方澳形成相當完備的漁港生態，包括停放鏢旗魚、延繩釣等中、小型魚船的第一、二漁港，以及停放大型圍網漁船及遠洋漁船的第三漁港。三個漁港並自成不同特質的漁貨市場，如鯊、旗魚拍賣的第一市場、供海鮮零售的第二漁市，及大型圍網漁貨拍賣的第三漁市
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